傳統製法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙製容器盛裝販售。因此現代的製作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能製成納豆。
而製作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，製程需多加留意。
納豆菌屬於弱酸性，會阻礙乳酸菌製造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由於使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，並可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過保存期限的納豆。
自從日本專家須見洋行博士發現納豆中含有可溶解血栓的納豆激酶後，掀趣納豆保健的熱潮。現代生產工藝中，為提升納豆激酶等成分的作用，特納豆菌桔草桿菌的選擇、複壯等提出了嚴格的要求，並採用真空冷凍乾燥技術，將納豆發酵物製成凍乾粉，灌裝成膠囊，長時期保存。其作用更是家庭製作難以比擬的。在這股保健熱潮中，一般而言，以中、日、韓三國的納豆工藝最為先進，中國的海奧聖納肽納豆膠囊屬獲國際大獎，由此可見一斑。特別指出的是，雖就現代工藝而言，單獨提取納豆激酶並非難事，但醫學專家普遍推崇的還是直接服用納豆的整體發酵物，能夠實現各種營養的平衡，尤其是溶栓凝血機制的平衡。
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